L'impitoyable Barnal parvient à arrêter Nicolas et Madeleine. Mais la thèse de la contamination par les rats permet aux deux captifs de gagner du temps.
L'obstination de Barnal lui permet de procéder à l'arrestation de Nicolas et Madeleine. Alors qu'il promet le bûcher à celle qu'il appelle «la sorcière», il libère une nouvelle fois Nicolas. Celui-ci persiste à défendre bec et ongles la thèse de la contamination par l'intermédiaire des rats. La peste, selon lui, n'a rien d'une punition divine mais n'est autre qu'une maladie que les hommes peuvent apprendre à combattre. Dans l'église où Nicolas retourne soigner les pestiférés, il découvre avec effroi et affliction que la nouvelle malade qu'on lui apporte n'est autre que sa propre fille Aurore...