Alors qu'il enquêtait sur la mort d'un homme sans histoire, un policier découvre l'existence de Jar City, une collection d'organes conservés depuis des siècles.
Le meurtre d'un homme apparemment sans histoires éveille la curiosité d'Erlendur, un inspecteur expérimenté auquel aucun détail n'échappe jamais. Intrigué par la photo de la tombe d'une petite fille enterrée trente ans plus tôt, il découvre l'existence de Jar City, une étrange collection d'organes...