En Afrique, un tout petit enfant tente de délivrer les hommes de son village des griffes d'une sorcière malfaisante qui les retient prisonniers.
Très impatient de découvrir le monde, Kirikou vient au monde par ses propres moyens et coupe lui-même le cordon ombilical qui le relie à sa mère. Celle-ci lui apprend que son père a disparu, comme d'ailleurs tous les autres hommes du village. La sorcière Karaba n'est pas étrangère à ces disparitions...