Un homme tente de retrouver la mémoire au cours d'un périple européen, qu'il effectue en étant poursuivi par plusieurs personnes aux intentions peu amicales.
Le corps d'un homme flotte sur la Méditerranée déchaînée. Repêché par les marins du bateau l'Aventura, le naufragé est incapable de se souvenir de son nom. Ramené à Marseille, il découvre un microfilm placé sous sa peau et apprend qu'il s'appelle Jason Bourne. Le document, qui contient un numéro de compte en Suisse, est la seule piste à laquelle il peut se raccrocher. Jason traverse alors l'Europe en direction de la Confédération helvétique. Mais son parcours est semé d'embûches, et le jeune homme ne tarde pas à comprendre qu'il est poursuivi par les forces de police, mais également par une organisation dont il ne parvient pas à comprendre les motivations profondes...
Une adaptation très convaincante du roman de Ludlum. Doug Liman confirme les espoirs placés en lui et Matt Damon s'impose en espion amnésique.