Après avoir mis en échec les services de renseignements américains lors d'attentats perpétrés au Kenya et au Yémen, Al-Qaida infiltre ses militants aux Etats-Unis.
En 1998, alors que les talibans sont au pouvoir en Afghanistan, le réseau Al-Qaida revendique les attentats qui ont frappé les ambassades américaines de Nairobi, au Kenya, et de Dar es-Salaam, en Tanzanie. En 2000, le groupe terroriste attaque le navire de guerre américain USS Cole, amarré dans le port d'Aden, au Yémen. Peu après, l'organisation dirigée et financée par Oussama Ben Laden envoie Mohamed Atta aux Etats-Unis, où ses hommes et lui apprennent à piloter des avions de ligne. Les écoutes fédérales bruissent de rumeurs, mais les alertes ne remontent pas.