Au sein de la DGSE, le BDL, Bureau des légendes, dirige à distance les clandestins, qui sont les agents les plus importants des services du renseignement français.
JJA, le directeur de la sécurité interne, a repris la direction du Bureau des Légendes pour y mettre de l'ordre tandis que Marie-Jeanne a préféré s'éloigner de Mortier et tester sa résistance au stress sur le terrain en Égypte. La DGSE va être secouée par les révélations dans la presse de l'exécution de Paul Lefebvre et du rôle qu'y ont joué la DGSE et la CIA. Mort ou vivant, Malotru va confronter chacun à ses propres impasses, dans le Sinaï, à Jeddah, Phnom Penh, Moscou, Le Caire et également Paris, boulevard Mortier...
La contradiction entre l'intime et le devoir est au coeur de cette 5e saison marquée par l'arrivée de Louis Garrel.