Les tribulations d'un poisson-clown, veuf et triste, parti en compagnie d'un poisson chirurgien à la recherche de son fils, pêché par un plongeur aquariophile.
Depuis qu'il a perdu sa femme, Marin, un poisson-clown très sérieux, se montre trop protecteur vis-à-vis de son fils Nemo. Mais au cours d'une sortie scolaire, Nemo est capturé par un plongeur. Marin, aidé par Dory, un poisson chirurgien à la mémoire défaillante, va tout tenter pour retrouver son fils...