A la fin du XIXe siècle, des marins découvrent un navire en parfait état mais vidé de ses occupants. C'est le début d'un mystère qui reste insoluble.
Le 4 décembre 1872, le trois-mâts Dei Gratia rencontre, au large des Açores, le brick américain Mary Celeste qui dérive et ne répond pas aux signaux. Trois hommes montent à bord mais ne rencontrent pas âme qui vive. Tout est en ordre dans le navire et laisse penser que l'équipage a subitement disparu...