Ben Tennyson un garçon de 10 ans découvre une montre au pouvoir étrange. Il peut désormais se transformer en dix extraterrestres différents.
Ben active accidentellement un compte à rebours qui détruirait l'Omnitrix...en plus de tout l'Univers ! Avec l'aide de Tetrax il devra trouver le créateur de l'Omnitrix pour désactiver cette bombe. Cela ne sera pas facile avec Vilgax qui est de retour.