Batman s'associe à la Ligue des justiciers pour combattre Lex Luthor et le Joker, qui veulent réduire Gotham City en morceaux, brique après brique.
Après un énième exploit, Batman rentre chez lui et contrairement à ce que tout le monde pense, le superhéros est bien seul. Alfred, son majordome, lui conseille de faire enfin partie d'une famille et d'élever Robin, qu'il a adopté. Le jeune garçon, un peu stupide et affublé d'un étrange costume, va désormais l'accompagner. Barbara Gordon, chef de la police, voudrait, au grand dam de Batman, travailler avec le duo. Quand deux superméchants, Lex Luthor et le Joker, manigancent un plan diabolique pour réduire Gotham City en morceaux, Batman finit par accepter l'idée et s'associe alors à la Ligue des justiciers...
Après "Lego Batman : Unité des super héros", ce deuxième film tient toutes ses promesses.