Tom et Diana continuent d'enquêter sur la disparition des enfants 4400. La relation amoureuse entre Isabelle et Shawn est finalement rendue publique.
Les futuriens ont réussi à capturer quelques enfants 4400, dont Maia, et les ont tous réexpédiés à différentes époques du passé. Peu de temps après les événements, tous leurs proches semblent les avoir définitivement oubliés. Mais, malgré tout le mal que les hommes du futur se sont donné, Tom et Diana commencent peu à peu à se souvenir de Maia et des autres enfants enlevés, en partie grâce à Alana. Avec l'aide du NTAC, les deux agents réussissent à localiser dans des pages d'histoire quand et où les enfants ont été envoyés. A chaque fois, les enfants 4400 ont fortement contribué aux progrès de l'humanité...