Dans la seconde moitié du XIXe siècle, le pape est de plus en plus isolé et son pouvoir politique se réduit terriblement du fait de l'unité italienne en cours.
Parmi les idées de la Révolution française véhiculées en Europe par Bonaparte, la liberté de religion semblait un acquis irréversible. Or, en 1858, une affaire crée le scandale : un enfant juif de 6 ans, Edgardo Mortara, est enlevé à Bologne par les hommes de la police papale. Le but était de l'élever au sein de la religion catholique. L'inquisiteur Feletti a agi sous les ordres directs du pape Pie IX. La famille du garçon alerte l'opinion. L'émoi est grand à travers toute l'Europe. Napoléon III et François-Joseph d'Autriche écrivent personnellement au pape. Mais l'obstination de ce dernier jette imperceptiblement le discrédit sur l'Eglise. Puis, l'unité de l'Italie en cours fait du pape un personnage de plus en plus isolé.