Alors que la pluie ne cesse de tomber sur le Japon, un lycéen devenu journaliste rencontre une jeune fille enjouée et capable d'arrêter la pluie.
Le jeune lycéen Hodaka Morishima quitte son île isolée pour s'installer à Tokyo, mais il est rapidement à court d'argent. Il trouve finalement un travail en tant que rédacteur pour un étrange magazine dédié au paranormal. Hodaka, qui commence son nouveau travail, s'étonne que la pluie ne cesse de tomber. Son rédacteur en chef pense que ce phénomème est l'oeuvre d'une prêtresse du temps et lui demande d'enquêter. Un jour, Hodaka rencontre une jeune fille prénommée Hina Amano. Hina, enjoué et vivant heureuse avec son jeune frère, est dotée d'un incroyable pouvoir magique : celui d'arrêter la pluie et de dégager le ciel. Une romance commence entre elle et Hodaka...
La nouvelle star de l'animation japonaise, Makoto Shinkai, est de retour avec une fable à la fois merveilleuse et cruelle, parfaitement réalisée : un régal.