"Pop-corn panique". Le snack préféré des pingouins n'est plus disponible. Commandant et sa bande passent alors à l'action pour trouver une nouveau stock.
Skipper, Kowalski, Rico et Private, quatre pingouins constitués en redoutable commando de choc, protègent le zoo de Central Park. Ils ont fort à faire, le lémurien King Julian, le aya-aye Maurice et le microcèbe Morti compromettant souvent la sécurité du zoo.