Les pingouins se lancent dans une course contre la montre pour retrouver le trésor perdu de l'Ecureuil d'or avant les rats...
Skipper, Kowalski, Rico et Private, quatre pingouins constitués en redoutable commando de choc, protègent le zoo de Central Park. Ils ont fort à faire, le lémurien King Julian, le aya-aye Maurice et le microcèbe Morti compromettant souvent la sécurité du zoo.