Lorsqu'une sortie en bateau sur la côte du Massachusetts tourne mal, les pingouins se retrouvent au zoo d'Hoboken, qui s'avère être un lieu paradisiaque...
Skipper, Kowalski, Rico et Private, quatre pingouins constitués en redoutable commando de choc, protègent le zoo de Central Park. Ils ont fort à faire, le lémurien King Julian, le aya-aye Maurice et le microcèbe Morti compromettant souvent la sécurité du zoo.