Nigel, l'oncle excentrique de Soldat, vient rendre une visite rapide à son neveu.
Skipper, Kowalski, Rico et Private, quatre pingouins constitués en redoutable commando de choc, protègent le zoo de Central Park. Ils ont fort à faire, le lémurien King Julian, le aya-aye Maurice et le microcèbe Morti compromettant souvent la sécurité du zoo.