Ninjaka vole les drapeaux pirates de l'école. Les Pyjamasques cherchent à comprendre pourquoi tous les Ninjazouaves disparaissent les uns après les autres.
Ninjaka a volé les éléments de décoration de la "Journée Pirate" à l'école. Yoyo, voulant prouver qu'il peut lui aussi être un grand pirate, va mettre en péril la mission de sauvetage des Pyjamasques. / Les Ninjazouaves disparaissent un à un et les Pyjamasques doivent aider Ninjaka. Mais le temps qu'ils l'écoutent, il est trop tard et Roméo a capturé tous les Ninjas dans sa Mecanolab.