Shredder, un individu démoniaque doué en arts martiaux, fait régner la terreur sur la ville. Seule une bande de quatre joyeuses tortues a le courage de l'affronter.
La nouvelle disparition d'un scientifique éminent fait penser à April qu'il s'agit d'un coup des Krang. Elle part enquêter avec Donatello, qui tente désespérément de passer du temps avec elle. La découverte de mutagène dans le laboratoire du chercheur renforce la croyance d'April, mais la rencontre avec un singe mystérieux installe le doute...