April écrit un article sur les problèmes que posent les rats en ville. Le roi des rats se venge et la kidnappe. Splinter et les tortues tentent de la libérer...
Le docteur Falco a décidé de se venger de tous ses ennemis, dont les tortues, qui lui avaient pris son mutagène. Mais il lui en reste une petite dose, et au moment de réaliser une expérience sur des rats, un incident se produit. Le docteur Falco devient un mutant, qui a le pouvoir de contrôler tous les rats de la ville.