Lilo constate que Stitch a été kidnappé. Il semble que le vil docteur Drakken soit l'auteur de cet enlèvement. La seule solution est de contacter Kim Possible.
Le détestable docteur Drakken sévit à nouveau. Avec l'aide de Hämsterviel, il kidnappe Stitch afin de créer, à partir de son corps, de terribles clones destructeurs. Paniqué, Peakly envoie un mail à Kim Possible qui connaît bien ce malfaiteur. La jeune fille accepte et Lilo fait équipe avec elle. Ensemble, elles vont également tenter de sauver l'expérience 626. Mais Jumba les met en garde : il est certain que le rat-taupe est en fait l'expérience 607...