MacGyver et son équipe viennent en aide à Sarah, une ancienne partenaire de Jack disparue alors qu'elle était en mission pour le compte de la CIA au Venezuela.
Toujours préoccupé par la trahison de Nikki, Mac tente une fouille à son appartement, dans le but de surmonter le choc et de trouver des éléments. L'opération, illégale, s'avère infructueuse. Parallèlement, il est envoyé en mission secrète au Venezuela avec Jack et Riley, leur nouvelle analyste. Ils doivent retrouver et exfiltrer Sarah Adler, une espionne américaine et ancienne partenaire de Jack, qui a disparu après avoir réuni des preuves pour faire tomber un trafiquant d'armes international. La jeune femme a été désavouée par son employeur...