Après avoir intercepté un message, MacGyver décide de se faire passer pour Murdoc afin de protéger la cible d'un meurtre et de découvrir qui l'a commandité.
La fondation Phoenix intercepte un message destiné à Murdoc. Ignorant que le tueur à gage est en prison, un groupe terroriste lui demande d'abattre un homme surnommé l'Architecte. Les agents de Phoenix sont aussitôt informés de la situation. Ils interrompent une partie de base-ball pour rentrer au centre d'opération et mettre au point un plan d'action. MacGyver décide de se faire passer pour son ennemi juré afin de protéger la cible et de découvrir qui a commandité cet assassinat. Jack et Matty lui apportent toute l'aide dont ils sont capables, tout en restant en retrait pour ne pas être repérés. De leurs côté, Riley et Bozer enquêtent sur un meurtre non résolu...