Trois mois après avoir quitté la Fondation et déménagé au Nigeria, Mac revient lorsqu'il apprend que Jack est devenu la cible d'un meurtrier.
Cela fait maintenant trois mois qu'il a pris la décision de quitter la Fondation. Soulagé d'avoir fait ce choix, MacGyver s'installe au Nigeria. Son déménagement se passe sans complication. Consterné, il apprend que Jack est devenu la cible d'un meurtrier. L'aventurier n'a d'autre choix que se lui venir en aide. Mais il réalise bien vite que Jack est dans une situation bien plus compliquée que ce qu'il imaginait. Les méthodes du tueur s'avèrent difficiles à anticiper. MacGyver élabore alors une stratégie inédite...
Dernière saison pour George Eads, alias Jack Dalton, qui a annoncé son départ au terme de celle-ci.