L'ancien mentor de Matty, nommé Ian Cain, et son personnel de l'ambassade ont contracté une maladie mortelle et inconnue. Mac et son équipe leur viennent en aide.
La Fondation Phoenix reçoit la visite de Jerry Ortega, ancien membre de Hawaii Five-0, qui a autrefois aidé Mac et est connu pour ses théories de la conspiration. Ortega a découvert des éléments du CODEX qui, selon lui, pourraient être utiles. Cependant, Mac et Desi sont retirés par Matty pour une affaire, et celle-ci est personnelle. Son ami et ancien mentor, un héros de la guerre froide, a communiqué avec elle au sujet d'étranges maladies parmi son personnel. De retour chez lui, Ortega apprend que le CODEX travaille sur le projet d'une bombe.