Victime d'un complot, l'organisation de Coulson doit redorer son blason auprès des autorités politiques, mais trouve sur sa route un sénateur tenace.
Hydra profite d'un discours de Talbot à l'ONU pour lancer une attaque en se faisant passer pour le S.H.I.E.L.D. Le plan fonctionne et l'organisation de Coulson a désormais mauvaise presse. Commence alors pour ce dernier une bataille politique, qui doit permettre de réhabiliter son institution. Les négociations sont âpres, notamment avec le leader des opposants au S.H.I.EL.D., le sénateur Christian Ward, frère aîné de l'agent Grant Ward. Pendant ce temps, une équipe d'agents menée par Melinda May, se rend à Okinawa, d'où proviennent les armes utilisées lors de l'attaque à l'ONU pour interroger leur créateur, Toshiro Mori...