Coulson prépare une opération pour neutraliser les agents de l'Hydra encore présents aux Etats-Unis. Il doit aussi surveiller Skye, dotée de nouveaux pouvoirs.
L'agent Skye est en quarantaine depuis les évènement survenus dans la cité extraterrestre, où elle a montré des pouvoirs extraordinaires. Elle se sent responsable de ce qui est arrivé, mais Coulson l'assure que tout est la faute de l'Hydra. Il cherche aussi à neutraliser tous les agents de l'Hydra. Pour cela, il organise un échange avec le général Talbot. Pendant ce temps, Raina émerge de la cité extraterrestre, présentant elle aussi des pouvoirs inédits, et dévastateurs. Le père de Skye lui explique elle devra désormais vivre avec ses nouvelles capacités ou décider de se suicider si cela lui est insupportable...