Les Men in Black reprennent du service lorsqu'une dangereuse et séduisante extraterrestre débarque sur Terre pour récupérer la lumière de Zartha.
Un soir, dans un parc new-yorkais, une drôle de plante se transforme en une superbe jeune femme. Serleena, une extraterrestre, vient récupérer la lumière de Zartha, cachée sur Terre. Sa première visite est pour une pizzeria, dont elle découpe en morceaux le patron, également extraterrestre. La serveuse, Laura, alerte les pouvoirs publics, et c'est l'agent J qui se présente. Pour mener à bien son enquête, J doit retrouver l'agent K, son ancien partenaire qui, après avoir été flashé, a perdu la mémoire et travaille maintenant dans un bureau de poste. Mais pendant que J essaie de ranimer la mémoire de K, Serleena ne perd pas son temps...
Un second opus un peu décevant mais agrémenté de quelques seconds rôles amusants, notamment celui de Johnny Knoxville (Jackass).