A New York, un célèbre cabinet juridique confie à l'un de ses avocats la tâche délicate d'arranger discrètement les affaires embarrassantes de ses clients.
Michael Clayton travaille pour un cabinet new-yorkais réputé pour arranger le plus discrètement possible, et quels que soient les moyens employés, les dossiers embarrassants de ses clients. Or, une puissante firme agrochimique demande de l'aide pour enterrer une grave affaire de santé publique...