Jim et son équipe se sont introduits dans un bunker souterrain, contrôlé par une puissance étrangère, afin de sauver le professeur Rojak.
Cinnamon, qui a pris la place de l'épouse du professeur Rojak, Anna, se fait conduire auprès de lui. Pendant ce temps, Jim Phelps, qui se fait passer pour un employé de la sécurité, s'introduit dans les conduits d'aération du bunker afin d'y mettre en place un ingénieux système. Celui-ci doit permettre à l'équipe de l'IMF de créer un subterfuge pour soustraire Rojak aux mains de ses ravisseurs. Mais Ventlos, un agent ennemi qui a pour mission de tuer Rojak, intervient et oblige Jim et ses hommes à reconsidérer leur plan...