L'équipe de Mission impossible se lance à la poursuite d'un expert en nitroglycérine qui s'apprête à faire sauter le palais présidentiel de son pays.
Depuis quelques années, Karak est sous la coupe impitoyable du général Zek. Celui-ci tente par tous les moyens d'interrompre le traité de paix qui doit être signé entre son pays et Agir, dirigé par le roi Said. Afin de mettre son plan à exécution, Zek s'associe à un marchand d'armes qui doit lui fournir les moyens d'éliminer Said au moment du traité de paix. Les deux conspirateurs engagent Aristo Skora, un terroriste internationalement connu, pour assassiner le roi. L'équipe de Jim Phelps a rapidement vent de ce complot meurtrier. Les membres de l'IMF se rendent immédiatement à Karak pour tenter de mettre fin à la tentative d'assassinat...