Des personnages aux redoutables pouvoirs affrontent des êtres mutants bioniques et cybernétiques pour sauver la Terre, menacée de fusion avec l'outre-monde.
Après avoir réussi à sauver la Terre du chaos souhaité par Goro, en triomphant du combat planétaire réunissant les plus extraordinaires guerriers du globe, Liu Kang, Rayden et leurs comparses affrontent des mutants bioniques et cybernétiques, emmenés par l'empereur d'outre-monde, Shao Khan...