En poursuivant Mukade, Naruto se retrouve projeté vingt ans en arrière, au milieu d'immenses tours dans le désert. Il y rencontre le quatrième Hokage, son père.
Naruto est à la poursuite de Mukade, le ninja marionettiste. L'affrontement le conduit vingt ans en arrière dans un royaume constitué de gigantesques tours au milieu du désert. Dans cet univers, il doit venir en aide à une reine menacée par Mukade. Il bénéficie du soutien de son père, le quatrième Hokage...