Alors qu'une guerre menace d'éclater entre quatre grands villages et le Pays du Feu, Kakashi disparaît. Naruto et ses amis se lancent à sa recherche.
Des ninjas des quatre grands villages disparaissent. Seul le Pays du Feu semble épargné. La tension monte entre les villages, et la guerre menace d'éclater. C'est dans ce contexte que Kakashi disparaît à son tour, attiré par le maléfique Hiruko. Naruto et ses amis tentent de le retrouver...