Un mystérieux groupe de ninjas attaque Konoha par surprise, de son côté Sasuke, en mission, se retrouve nez-à-nez avec son meilleur ennemi Naruto.
Un mystérieux groupe de ninjas volants, appelé les Sora-Nin, attaque par surprise le village de Konoha. Les bombardements font rage, et une nouvelle guerre mondiale semble se préparer. De son côté, Sasuke, en mission pour son maître, se retrouve nez-à-nez avec son meilleur ennemi : Naruto...