Lors d'une nouvelle attaque de l'Akatsuki, Naruto et Sakura se retrouvent piégés par l'homme masqué dans un univers parallèle où les personnalités semblent inversées.
Seize ans après l'attaque de Kyûbi, le démon à neuf queues, les habitants de Konoha sont aux prises avec l'Akatsuki, toujours désireux de s'emparer du plus puissant des Bijûs. Tobi, l'homme masqué, parvient à piéger Naruto et ses amis dans un univers parallèle où les personnalités sont bouleversées...