La quatrième grande guerre ninja est déclarée. L'Akatsuki n'hésite pas à ressusciter d'anciens ennemis avec l'aide de Kabuto. L'alliance ninja doit faire face au danger...
Alors que la Grande Guerre fait rage, Kabuto le manipulateur tente de récupérer les corps des ninjas morts au combat malgré leurs pouvoirs héréditaires. Afin de s'emparer de leurs cadavres, il fait revenir un ancien Ninja supérieur de Konoha, Hayate Gekkô...