La quatrième grande guerre ninja est déclarée. L'Akatsuki n'hésite pas à ressusciter d'anciens ennemis avec l'aide de Kabuto. L'alliance ninja doit faire face au danger...
Naruto et les autres retrouvent finalement leurs souvenirs de Yôta. Il y a bien longtemps, les enfants du village de Konoha s'étaient liés d'amitié avec Yôta. Pourtant, les adultes prenant le garçon pour un espion, ils l'emmènent pour le questionner...