Les agents du NCIS se rendent dans une région isolée du Paraguay, tenue par des rebelles, pour tenter de retrouver un Navy Seal qui a disparu.
La main d'un Navy Seal est retrouvée dérivant dans une rivière paraguayenne. L'officier était soi-disant parti pêcher au Canada avec un collègue, Charlie Hudson, qui est également porté disparu. Christopher Clayton, un proche des deux soldats, avoue au NCIS qu'ils avaient effectué par le passé une mission secrète au Paraguay pour le compte du gouvernement américain. Gibbs, McGee et Torres se rendent alors sur place, dans une région reculée, contrôlée par un groupe de rebelles violents...