Un marine est retrouvé mort. Une enquête est ouverte. Il apparaît très vite que des missiles ont été volés. De son côté, Hetty s'intéresse à une autre affaire.
Hetty se rend à Washington afin de s'occuper seule d'une affaire. Sam et Callen enquêtent sur la mort d'un marine, retrouvé étranglé près de la marina de Los Angeles. Très vite, ils découvrent que ce meurtre serait lié à un vol de missiles, perpétré par une milice à laquelle s'intéresse un ancien agent du NCIS. Le principal suspect est le caporal Scott Reilly, proche du fondateur de la milice. Il est arrêté et Callen se fait passer pour un détenu afin de gagner sa confiance et préparer leur évasion, qui doit les mener aux missiles disparus. Pendant ce temps, Hetty se rend à Washington afin de s'occuper seule d'une affaire...