Sam se fait passer pour un détenu afin d'infiltrer un groupe terroriste responsable de plusieurs attentats et opérant depuis une prison américaine.
Moe, un ancien indicateur de Sam, est victime d'une agression en prison. En enquêtant, le NCIS découvre que cette attaque a été organisée comme un rite de passage par un groupe de terroristes incarcérés avec Moe. Cet événement pousse Sam à se faire passer pour un détenu afin d'infiltrer ce groupe d'hommes, responsables de plusieurs attentats à travers le monde. Il profite de la présence de Nate, psychologue de l'établissement, pour rendre son personnage crédible et gagner la confiance des suspects. Parallèlement, Callen continue d'explorer son passé. Il reçoit l'autorisation de s'absenter pour mettre les choses au clair...