Sam et Callen sont retirés d'une mission d'infiltration pour enquêter sur le meurtre d'un informaticien ayant travaillé sur la cyber-insécurité du NCIS.
Tous les agents du NCIS sont convoqués à l'aube, suite à une tentative d'enlèvement chez Hetty. L'un de ses gardes du corps a d'ailleurs été abattu par les assaillants. Cette dernière se trouve toujours à Washington, où elle doit répondre aux lourdes accusations dont elle fait l'objet. L'équipe de Callen est chargée d'assurer sa protection. Parallèlement, Leon Vance confie à Hetty des informations plus que troublantes : son départ à Washington a été calculé, de façon à la protéger de potentielles menaces. Alors que l'équipe s'efforce de démasquer ceux qui s'en prennent à leur supérieure, Ava Wallace et ses collègues du département de la justice traquent sans relâche Callen et ses acolytes...