Trois officiers extrémistes de l'Air Force prennent d'assaut un centre de contrôle de l'armée et menacent de bombarder des pays musulmans : le NCIS intervient.
Dans le Colorado, un centre de lancement de missiles est pris d'assaut par trois officiers de l'Air Force appartenant à une armée secrète. Ils menacent de lancer des ogives nucléaires sur des pays musulmans afin d'en finir avec l'islamisme radical. Kensi, qui a personnellement connu l'un des officiers, est dépêchée sur place pour tenter de le convaincre de renoncer à son projet. Parallèlement, le reste de l'équipe enquête sur ceux qui l'ont aidé à mener son opération. Les trois hommes se sont forcément connus par le passé et ont noué des liens. Kensi, elle, risque sa vie pour gagner du temps...