L'équipe est sur les traces du traitre et doit, parallèlement, retrouver plusieurs centaines de kilos d'explosifs, qui pourraient être utilisés en ville.
L'équipe du NCIS découvre l'existence d'une taupe et tente de l'identifier en utilisant toutes ses ressources disponibles. Parallèlement, les agents se lancent dans une course contre la montre afin de retrouver des explosifs, qui pourraient être utilisés lors d'un prochain attentat à La Nouvelle-Orléans. Lorsque le traitre est identifié, Brody propose de le piéger afin d'obtenir des preuves irréfutables de sa duplicité pendant que le reste de l'équipe se lance à la recherche de la bombe, avec pour mission de la désamorcer avant qu'elle ne provoque un carnage dans la ville...