Un homme s'est infiltré dans les locaux du NCIS. A la recherche de documents secrets, il retient Ducky, Gerald et Kate en otage dans la salle d'autopsie.
Ducky et son assistant, Gerald, sont pris en otage dans la salle d'autopsie du NCIS par un inconnu. L'homme, armé et déterminé, s'intéresse à un terroriste palestinien nommé Qassam, que Gibbs a dû abattre peu de temps auparavant. Le preneur d'otages veut à tout prix mettre la main sur les pièces à conviction de l'affaire. Kate est, à son tour, bientôt piégée dans la salle d'autopsie, et Gerald est grièvement blessé. Lorsque Gibbs comprend enfin ce qui se passe dans les sous-sols, il sonne le branle-bas de combat. Tout le NCIS se mobilise pour neutraliser l'agresseur et libérer les prisonniers avant qu'il ne soit trop tard...