L'équipe du NCIS se remet péniblement de l'attaque terroriste fomentée par Ari Haswari. Elle mobilise toute son énergie pour le mettre hors d'état de nuire.
L'équipe du NCIS est sous le choc de l'attaque terroriste : la mort de Kate pèse sur la conscience de Gibbs, qui se sent responsable, et chacun tente de faire face à cette soudaine disparition. Afin de mettre Ari Haswari hors d'état de nuire avant qu'il ne tue à nouveau, l'équipe du NCIS collecte toutes les informations le concernant. En parallèle, Gibbs apprend le remplacement de Tom Morrow par Jenny Shepard. Or, il y a quelques années, Gibbs et Jenny ont eu une liaison. La traque reprend et met les nerfs des enquêteurs militaires à rude épreuve. Une aide leur arrive bientôt, sous les traits de l'agent spécial Ziva David, envoyée par le Mossad...