Nikita, ancien assassin de la Division, cherche à se venger de cette organisation gouvernementale secrète. Pendant ce temps, de nouvelles recrues sont formées.
Nikita, une adolescente à problèmes, est sauvée de la mort par une organisation secrète connue sous le nom de la Division. L'agence a simulé l'exécution de la jeune fille et lui a donné une chance de débuter une nouvelle vie en servant son pays. Nikita a, en fait, été choisie pour devenir une véritable machine à tuer. Cependant, en dépit de son entraînement forcené à la Division, Nikita n'a pas perdu son humanité. Elle tombe même amoureuse d'un civil. Quand son fiancé est assassiné, la tueuse réalise qu'elle a été trahie et qu'elle ne peut plus faire confiance à personne. Dès lors, Nikita se donne pour mission de révéler au monde les agissements de la Division...