Nikita part à la recherche d'un homme à qui la société secrète, baptisée «Red Cell», a greffé une bombe dans l'abdomen pour perpétrer un attentat.
La société secrète baptisée «Red Cell» a mis au point une bombe humaine. Un quidam porte, en effet, dans son ventre, une machine infernale qu'un chirurgien habile lui a préalablement greffée. Dans le but de découvrir l'identité du porteur de la bombe et sa cible éventuelle, Nikita doit capturer l'un des agents de «Red Cell», qui purge une peine de prison pour usage de drogue dans un pays étranger. Nikita est envoyée dans le pays concerné, où elle tente de se faire arrêter. Elle influence la décision de ses gardiens pour se retrouver dans la même prison que l'agent...