Afin d'empêcher le Lord Suprême de voler les pouvoirs du maître d'or, les ninjas doivent être numérisés pour aller le combattre à l'intérieur du Digivers.
Après la victoire du ninja d'Or contre l'Overlord, Ninjago connaît une ère de paix et de renaissance technologique. Cependant, les ninjas doivent reprendre du service lorsque l'Overlord, sous forme de virus informatique, menace de voler le pouvoir d'or de Lloyd. Pour cela, il a créé les nindroïdes, une nouvelle menace technologique. Les ninjas doivent l'arrêter pour empêcher sa domination en tant que Maître d'Or, le grand destructeur annoncé par la prophétie...