Après la perte tragique de son frère à la grande bataille de Marine Ford, Luffy et les pirates se retrouvent sur une île pour parfaire leur entraînement.
Après la guerre au sommet où Ace, le frère de Luffy, a perdu la vie, l'équipage au chapeau de paille s'est donné rendez-vous deux ans plus tard pour pouvoir s'entraîner de son côté. Alors que Luffy poursuit son entraînement sur l'île de Rusukaina, non loin d'Amazon Lily, il est le témoin de l'enlèvement des sœurs de Boa Hancock par le pirate Byrnndi World. Celui-ci s'est échappé du niveau 6 d'Impel Down, la prison la plus sécurisée du Gouvernement mondial. Luffy et Hancock décident d'unir leurs forces pour stopper Byrnndi et sauver les sœurs de la grande corsaire...